2013年1月，广西中医药大学作为牵头单位，在原有农作物废弃物功能成分筛选研究中心的基础上，与中国医学科学院药物研究所、广西百色国家农业科技园区、广西中医药大学制药厂等作为共建单位，共同向广西教育厅申请成立“农作物废弃物功能成分研究协同创新中心”。中心以提升人才、学科、科研三位一体协同创新能力为核心，针对广西区域经济与农作物废弃物相关产业的共性问题，进行协同创新。2013年6月，农作物废弃物功能成分研究协同创新中心被批准为广西教育厅认定的协同创新中心培育单位。发展至今，中心协同单位由原来的4个增加到12个，中心从体制改革，资源整合、人才汇聚、平台建设、增强科研能力等方面进行了建设，初步形成高水平创新团队，培养高质量人才。
目前，团队人员28人，博士14人，硕士14人。其中正高15人，副高6人，中级7人。院士1人，长江学者1人，广西优秀专家1人，回国人员4人。
近年来，中心承担各级科研课题64项，其中国家级9项，省级课题21项，厅局级3项，其它课题31项。发表论文156篇，出版学术专著3部、完成专著书稿3部，申请专利27项，获授权9项，获国家化妆品批文1件。获中华民族医药学会一等奖1项，中华中医药学会科技进步二等奖1项，广西重要技术标准奖1项。
中心加强国际合作与交流，先后与国外协同单位泰国孔敬大学和澳大利亚格里菲斯大学，组建“中泰传统药物研究联合实验室”和“中澳传统药物现代研究联合实验室”，并与加拿大、新加坡、马来西亚、缅甸、老挝等国外科研单位建立实质性合作关系。
中心连续成功主办三届农作物废弃物功能成分筛选研究暨芒果苷药用研究国际学术研讨会，参会国家涉及10余个国家（澳大利亚、法国、美国、泰国、缅甸、越南、古巴、越南、马来西亚、老挝、印度），人员300余人，出版英文论文集3本，并成立国际芒果苷研究联合会。连续举办两届中国--东盟传统药物暨农作物废弃物药用研究技术培训班，来自老挝、泰国、缅甸、文莱、马来西亚、印度尼西亚、新加坡、越南、菲律宾、柬埔寨等东盟10国的50多名学员参加了培训。培训班的顺利召开，充分展示了广西在传统药物、海洋药物、农作物废弃物药用方面的研究成果和优势，并取得了显著的成果：建立了中国-东盟传统药物与农作物废弃物药用研究国际学术交流机制；承办方与全部东盟学员共同签属了“中国-东盟传统药物研究联合实验室合作意向书”1份；承办方与全部东盟学员共同签属了“中国--东盟传统药物暨农作物废弃物药用研究技术培训班倡议书”1份；与东盟各国形成了多个传统药物、海洋药物、农作物废弃物药用研究方面的合作意向。
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