本馆约1200多平方米，共分为四个展厅(室)。第一展厅(一楼)为中成药展厅，展出各种剂型及广西中成药企业的主要产品600余种。第二展厅(二楼)为浸制标本展厅，展出广西常用药用动、植物标本800多种及部分药用动物标本。第三展厅(三楼)为天然药材展厅，展出常用中药材、伪品药、壮药、国外民间药的原药材及饮片标本2000余种。第四展室(三楼)为植物蜡叶标本室，收藏有广西常见药用植物蜡叶标本5000多种。
中成药展厅，展示广西主要中成药产品。其中有复方扶芳藤合剂(原“百年乐”口服液)、山歌水晶菊口含片、芒果止咳片、正骨水、鸡骨草丸、桂林西瓜霜、金嗓子喉宝、中华跌打丸、药制龟苓膏、万通炎康片、跌打万花油、蛤蚧定喘丸等500多个品种。
浸制标本展厅采用国内的先进技术与配方，使浸制标本在形态、色泽、质地等方面保持自然生长的鲜活状态下，置入药液中保存的一种标本。有原色保真度高，立体效果好的特点。既有利于物种的鉴定，又具有较高的观赏价值。
本展厅展示浸制标本800多种，既有广西地产的肉桂、八角、罗汉果、田七、石斛、青天葵等药用植物，又有万寿菊、郁金香、仙客来、勿忘我、天堂鸟、康乃馨等观赏植物；既有北疆的人参、刺五加、辽细辛、关黄柏，又有南国的红豆、木菠萝、无花果和金花茶。此外，本展厅还展示部分药用动物剥制标本及浸制标本。
天然药材展厅分为中药材、壮药材、国外民间药三个展区，每种药物又分为原药材和饮片两部分。
一、中药材展区 本展区展出常用中药材500多种(1200多瓶)，按照中药的功效排列，分为解表药、清热药、泻下药、祛风湿药等21大类。为了便于辨别真伪，本展区除正品外，还收集了部分易混淆品及伪品。
二、壮药材展区 壮药是祖国民族医药宝库的重要组成部分，本展区展出常用壮药800多种(1700多瓶)。按根及根茎类、茎类、叶类、花类等7大类展示。
三、国外民间药展区 世界各国都有本民族丰富的民间用药经验。为增进各国民间药的了解和交流，本展区收集了部分国家和地区的80多种常用民间药。
四、海洋药用生物展区 广西浅海和滩涂广阔，粗略统计各类海洋生物达2400多种，迄今已知有药用价值的约200多种，如海龙、海马、珍珠和海蛇等名贵的种类。
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