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党政管理机构

• 党委办公室(安全稳定工作办公室)
• 党委组织部
• 党委统战部
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• 武装部(保卫处)
• 学生工作部
• 校长办公室
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• 审计处
• 后勤基建处
• 发展规划处
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• 本专科招生网
• 成果转化与社会服务处

按规定设置机构

• 工会
• 团委

教学教辅机构

• 基础医学院
• 药学院
• 骨伤学院
• 针灸推拿学院
• 壮医药学院
• 瑶医药学院
• 护理学院
• 公共卫生与管理学院
• 第一临床医学院
• 瑞康临床医学院
• 高等职业技术学院
• 继续教育学院
• 国际教育学院
• 研究生院(研究生工作部)
• 马克思主义学院
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• 教学实验实训中心
• 创新创业学院
• 教师教学发展中心
• 教育教学质量监控与评价中心
• 信息技术中心
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• 期刊编辑部
• 明秀校区管理中心
• 教学教辅党委
• 旧房改造
• 校友工作办公室(教育发展基金会秘书处)

科研机构

• 中医药科学实验中心
• 海洋药物研究院
• 中药学国家级实验教学示范中心
• 壮瑶药协同创新中心、广西壮瑶药重点实验室
• 广西中药药效研究重点实验室
• 广西壮瑶药工程技术研究中心

附属单位

• 附设中医学校
• 资产经营有限公司