实验中心按国家重点实验室管理规定进行管理，实验中心实行三级聘任制，实验室主任聘任各实验研究平台主任、副主任，各实验平台聘任各课题组长，课题组长聘任课题组成员，以研究平台为基本单元进行管理。

中医药理论创新研究平台

副主任：戴铭、林江（代）

中药真伪鉴别与资源开发研究平台

主任：朱华

副主任：蔡毅、滕建北、苏健（代副主任）

中药药效筛选与产品开发研究平台

主任：邓家刚

副主任：王勤、郑作文

中医药临床研究平台

主任：梁健

副主任：黄贵华、韦艾凌、吴林

针灸推拿技术研究平台

主任：范郁山

副主任：周红海、庞勇、赵彩娇

中药质量控制技术研究平台

主任：陈勇

副主任：覃洁萍

实验动物研究平台

主任：冷静

副主任：唐耀平、黄正团